卢俊义从这些草草造就的海军上面开始制定日后的军制。
  一开始卢俊义在改造军制时尊重了宋朝和以前的汉唐时期的传统，没有改造的非常突兀。但是后来转念一想，前面的不一定就是正确的，如果它是正确的，为什么他们的军制没有帮助他们获得成功呢，为什么后人要改掉它呢。归根结底，卢俊义想跟这个时代孱弱的宋军有所不同，也想到这是属于自己的军队，自然要使用自己熟悉的军制。但是又一想，在这宋代，不但要让自己清楚，还要让其他将领习惯明白，所以也适当引入了宋军的编制。
  宋朝时禁军编制是，五十人为一队，两队为一都，五都为一指挥，五指挥为一军，十军为一厢。这种军制有很大的问题，一个队的规模太大，最基层的队正往往是普通士兵选拔来的，他无法一下子指挥五十个人，两队化成一都，那都头很容易被队正给架空，然后十军为一厢，那厢主掌控的也太多了。这样的编制一定要改。
  卢俊义针对这个时期基层军官很难培养的特点，并没有采用后世的三三制，而是采用了明朝的四五制。卢俊义将自己的军队分为下列几级，伍、队、都、旗、营、师、军。这是他自己的军队，他是要造反的，不用在乎什么私改军制的罪名。
  一伍自然是五个人，统领为伍长，一名，靠士兵推选。
  一队四个伍，二十人，正副队长各一名、一名监军。
  一都五个队，一百人，正副都头、正副监军各一名。
  一旗四个都，四百人，设有一个旗正和两名旗副、正副监军各一名。
  一营五个旗，二千人，设有一指挥和两名副指挥、一个正监军两名副监军。
  一师五个营，一万人，设有一师长和三名副师长、一名正监军三名副监军。
  一军五个师，五万人，设有一正军长三名副军长、一名正监军三名副监军。
  各级队伍的顺序按照编码从第一到第二，以此类推。
  其中监军跟后世的政委指导员的性质一样，跟这时候的监军的性质则截然不同，不再像皇帝特使监督将帅、动辄干扰将帅用兵之法，行军作战他管不到，但是其他方面如同后勤内需、将士的生活思想状况都需要他来管，要从他这里开始为将士们做思想心理辅导，杜绝后世绵延不绝的兵变、炸营等各种内讧情况；另外鉴于卢俊义此时手下智谋之士甚缺，也暂定各级的监军有联络军情部搜集情报、分析情报、参赞军机、给各级将领出谋划策之责，但必须不得掣肘，如有争议，速报总部解决。
  目前划分的职能部门只能按照战争时期的安排，共分作统帅部、政治部（掌控监军和负责宣传）、后勤部、装备部、军情部，各部掌管人选暂定为：统帅部和政治部由卢俊义亲自掌管，直接领导各级将领和各级监军，许贯忠做为他的副手，统帅部内部设有参谋处，由许贯忠和朱武负责参赞军机。后勤部和军情部由燕青掌管，分别有蒋敬和时迁做为他的副手；装备部由许贯忠掌管，汤隆做为副手。上述部门一把手负责决策，真正负责日常工作的是二把手。日后有更多的人才进来后，便再做调整。
  大兵种的设置，像陆军不用多说那是重中之重，海军还在筹建，那空军要不要呢？空军？这个时代没有飞机啊，哼哼，是没有飞机，但是有鸽子有各种大雕有风筝啊，训练军鸽的也安排进空军里，训练一些可以骑乘的大雕，偶尔可以冒险前去窥测敌营，甚至可以趁着天气的配合，空投时迁这样的人物去敌营里放火扰乱，当然是上下一起配合，这空军有几百人就了不起了，等到过上几十年能有简易的飞机就可以大规模装备了。
  至于炮兵呢，日后筹建出来就单列一种，必要的护炮队伍一定要有，不能重蹈凌振炮击梁山反被擒获的惨事。炮兵大部分会支援陆军，少部分也会安置到船上，在海上称王称霸。
  在密州训练的这一部分水兵有两千人左右，问题来了，这么大规模的人员调动不会惊动官府吗？那是因为这两千人招募来给官府的理由一部分是为了造船，一部分为了护航出海，再给相应的官员塞点钱财，就轻易过关了。
  这两千人里面中有一百人是原来俊义武馆培养出来的近卫军士兵，他们都是会水的人，又经过卢俊义等人的洗脑，现在过来充实海军的基层军官队伍。这些人里面有六七十人做基层将领，有三四十人则充当各级的监军之职。卢俊义在这里详细阐述了自己设置监军之职的用意，希望他们能把在俊义武馆学到的东西用出来，能够很好的做好水兵们的思想心理工作，同时尽力协助相应级别的将领搞好军机参赞。
  这两千人自然是成一营，正指挥是李俊，张顺等人都佩服他，他除了一身武功冠绝这些人之外，还拥有一定军事造诣，对水战有一定了解，很有领导能力和威望。副指挥则是张顺和卢俊游，下面的旗正则有张横、李立、童威、童猛、孟康五人担任，其中卢俊游和孟康只是挂衔，他们的具体工作则有卢俊义派出比较通晓海上事务的卢家子弟卢大海、卢大洋来负责，这两个人是卢家旁支，但在海上做贸易多年，来担当这样的工作子自不在话下。
  这一支海军几乎完全被李俊掌控，而且卢俊义想到原著里李俊日后能离开梁山队伍到日本称王称霸，这一点无论卢俊义如何地用人不疑都不由得有些忌惮。幸好李俊有些政治智慧，将自己所有能迁移的亲戚宗族都从江州接过来安置在大名府，在卢俊义的监控下。
  提到这一点不由不让人心怀寒意，然而这一点又是如此的现实，让人不得不去面对。同时卢俊义将整个水军营上下的基层将领和监军都安置为从俊义武馆出来的人，即便李俊在海上多年萌生异志，也无法把已经在思想心理上被卢俊义控制的水兵们激发起来。这些水兵经过这些监军们的洗脑后，知道自己听从谁的命令，该效忠谁还有谁给他们升迁奖赏的，前者是将领长官，只需要在训练作战是听从就好，但是后者是主公，需要全身心的投效。
  卢俊义跟这些未来的海军官兵们一起演习操练了半个多月，在这些水兵心中留下了光辉的难以磨灭的形象。同时卢俊义也把后世的海军操练演习之法教授给了李俊等人。这个时侯汤隆督造的大船的铁皮和尖头，以及海军必备的弓箭弩机朴刀等一系列武器也在陆陆续续的做出来，然后依次运到了密州。但大船的安装铁皮和其他一些调试维护工作还是很需要时间，士兵的训练还不是很到位，所以还是需要一两个月后才能扬帆出海。
  卢俊义也只得返回大名府去解决一些已经积压了许久的事情。密州的事宜呢，文的交给卢俊游，武的交给李俊，让他们在这里便宜行事，等到准备出海之前通知卢俊义来密州做一次总动员和庆祝典礼。